Wielu przedsiębiorców odetchnęło z ulgą, gdy Ministerstwo Finansów w środę ogłosiło odroczenie kar za błędy w Krajowym Systemie e-Faktur do końca 2027 r. Jednak eksperci przestrzegają właścicieli firm przed traktowaniem obecnego okresu przejściowego jako taryfy ulgowej. Podkreślają, że przedsiębiorcy już teraz muszą stawić czoła wielu wyzwaniom i problemom natury prawnej i operacyjnej. Na jakie obszary ryzyka powinni zwrócić szczególną uwagę?
Ministerstwo Finansów w środę wydłużyło okres ochronny przed sankcjami za błędy w stosowaniu Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) do końca 2027 roku. To oznacza, że administracyjnych kary pieniężnych przedsiębiorcy stosujący system mogą spodziewać się dopiero od 1 stycznia 2028 r.
Uwaga na niepoprawne wykorzystanie KSeF
Jak mówią eksperci, dłuższy okres przejściowy nie oznacza, że właściciele firm zyskali taryfę ulgową i więcej czasu na przygotowania do wdrożenia lub lepszego poznania systemu. Nie można uznać, że wprowadzenie KSeF nie niesie za sobą żadnych konsekwencji w okresie przejściowym, ponieważ niepoprawne użytkowanie KSeF związane jest z karami i odpowiedzialnością karnoskarbową nawet w czasie odroczenia sankcji.
ReklamaZobacz także
– Przykładem związanym z niepoprawnym wykorzystaniem KSeF, które może być związane z konsekwencjami ze strony urzędu skarbowego, jest wysłanie odbiorcy wizualizacji faktury ustrukturyzowanej, która odbiega od tej znajdującej się w KSeF. Jak wskazał Dyrektor KIS w interpretacji z 30 kwietnia 2026 roku, “w sytuacji, gdy Wizualizacja PDF będzie zawierała wszystkie kluczowe dane dla faktury, a jednocześnie będzie się różnić od faktury ustrukturyzowanej, może zostać uznana za odrębną fakturę, o której mowa w art. 108 ustawy, w związku z czym wystąpi obowiązek zapłaty wykazanego w niej podatku VAT” – zwraca uwagę Monika Piątkowska, doradca podatkowy w e-pity.
Ryzyko nałożenia podwójnego VAT
Na negatywne konsekwencje może narazić podatnika także wprowadzenie do KSeF faktur wystawionych wcześniej.
– Przykładowo faktury ze stycznia 2026 omyłkowo wprowadziliśmy do KSeF w kwietniu 2026 roku. Zdaniem Dyrektora KIS (indywidualna interpretacja z 23 czerwca 2026 r.), jeśli wprowadziliśmy do KSeF tego typu faktury, należy uznać je za błędnie wprowadzone do obrotu prawnego, gdyż dokumentują zdarzenia gospodarcze, które już były udokumentowane fakturami wysłanymi w sposób elektroniczny lub papierowy. Jedynym sposobem na wyeliminowanie ich z obrotu prawnego jest wystawienie do nich faktur korygujących „do zera” – podkreśla Monika Piątkowska.
Jak dodaje, organy przestrzegają, że zarówno w przypadku wprowadzenia omyłkowo faktury do KSeF, jak i wysłania wizualizacji odbiegającej od faktury wystawionej w systemie, wiąże się to zapisanym w art. 108 ust. 1 ustawy o VAT ryzykiem uznania ich za tzw. “puste faktury”.
Według tego przepisu podatnik, który wystawi fakturę i wykaże w niej kwotę podatku, jest zobowiązany do jego zapłaty. Ten obowiązek dotyczy również sytuacji, w której podatnik wystawi kilka faktur dokumentujących tę samą czynność. Jeżeli dokonana przez podatnika na rzecz kontrahenta czynność opodatkowana VAT zostanie udokumentowana dwoma różnymi fakturami, to co do zasady, podatnik będzie zobowiązany do zapłaty wykazanego podwójnie podatku.
Niewydolność wewnętrznych procedur
Kolejnym ważnym zagrożeniem dla podatników w okresie przejściowym i bezpośrednim źródłem przyszłych sankcji może być niewydolność wewnętrznych procedur w ich firmach. Tego typu problemy pojawiają się zwłaszcza w sytuacjach awaryjnych oraz przy wystawianiu faktur poza KSeF.
– Przy KSeF trzeba rozróżnić wystawianie faktur online i offline. W trybie online dokument trafia do KSeF na bieżąco. W trybie offline faktura jest wystawiana poza systemem, a następnie musi zostać do niego przesłana w terminie wskazanym w ustawie. I właśnie tutaj widzę jedno z większych praktycznych ryzyk – mówi Zuzanna Niełacna, ekspertka księgowo-podatkowa fillup k24.
Gdy system jest niedostępny w wyniku awarii
Nieterminowe przesyłanie e-faktur po usunięciu awarii może stanowić bezpośrednie zagrożenie dla płynności operacyjnej i rozliczeń biur rachunkowych.
– Mówiąc o sankcjach za KSeF, nie ograniczałabym się do hasła „kara za wystawienie faktury poza systemem”. W praktyce problem może pojawić się również wtedy, gdy faktura została prawidłowo wystawiona w jednym z trybów offline, ale później nikt nie dopilnował jej terminowego przesłania do KSeF. Przy offline24 i niedostępności termin może upłynąć już następnego dnia roboczego, przy awarii mamy 7 dni roboczych – mówi Zuzanna Niełacna.
Jej zdaniem w biurze rachunkowym to właśnie ten etap jest najbardziej podatny na pomyłki przez przedsiębiorców.
– W czasie problemów technicznych firma skupia się na tym, żeby sprzedaż mogła być dalej dokumentowana. Faktura zostaje wystawiona, kontrahent dostaje dokument i operacyjnie temat wydaje się zamknięty. Tymczasem trzeba jeszcze dopilnować jej późniejszej wysyłki do KSeF i sprawdzić, czy system ją przyjął – podkreśla ekspertka księgowo-podatkowa fillup k24.
Trzeba zadbać o nadzór nad procesem
Dodaje, że kluczowe dla firm staje się wdrożenie przejrzystego nadzoru nad procesem:
– Dlatego sama procedura „co robimy, gdy KSeF nie działa” nie wystarczy. Potrzebny jest też rejestr faktur wystawionych offline: w jakim trybie zostały wystawione, kiedy upływa termin ich wysłania i czy faktycznie trafiły do systemu – mówi Zuzanna Niełacna.
Poczucie braku konsekwencji za błędy
Eksperci zwracają uwagę, że wobec zapowiedzi legislacyjnych dotyczących przesuwania w czasie sankcji finansowych wśród podatników pojawia się niebezpieczne poczucie braku konsekwencji za popełniane błędy.
– Nie oznacza to jednak, że w 2027 r. będzie można zrezygnować z przestrzegania zasad dotyczących KSeF. Ministerstwo Finansów wyraźnie podkreśla, że odroczenie kar nie oznacza odroczenia samego obowiązku korzystania z systemu. Dotyczy to również obowiązku terminowego przesyłania do KSeF faktur wystawionych w odpowiednim trybie offline. Dlatego przedsiębiorcy nadal powinni pilnować, w jakim trybie została wystawiona faktura, kiedy upływa termin jej przesłania do systemu i czy została przez KSeF skutecznie przyjęta – przestrzega Zuzanna Niełacna.
Jak dodaje, resort zapowiada, że KAS będzie reagować na przypadki wystawiania faktur poza KSeF z pominięciem ustawowych wyjątków oraz sprawdzać, czy niestosowanie systemu nie wiąże się z nierzetelnym rozliczaniem podatku.
