Rożnica jest wyłącznie techniczna. Inspektor nie sprawdza setek papierowych dokumentów, ale pobiera dane z systemu księgowego firmy i analizuje je za pomocą narzędzi informatycznych. Rozwiązanie to ma wiele zalet, zarówno dla skarbówki, jak i dla przedsiębiorców. Jest prostsze, szybsze i tańsze. E-kontrola trwa zaledwie kilka dni zamiast kilku tygodni i nie dezorganizuje pracy firmy. Problem polega na tym, że mimo dynamicznego wzrostu wciąż jest to tylko niewielki odsetek tradycyjnych kontroli.