Re: Wyniki badań panelu COVID

@Scope

Nie są to przypadkowe źródła, ale dobrze, że od czegoś zaczynamy.

W kwestii POCT RT-PCR jako techniki referencyjnej: to pokazałem dlaczego wyniki uzyskanie nową metodą porównuje się do testu laboratoryjnego a nie testu POCT. Chodzi o limit detekcji, testy POCT mają limit detekcji wyższy niż testy laboratoryjne. Tym samym Ct w teście laboratoryjnym np. na poziomie 30 to znacznie więcej materiału wirusa w próbce niż Ct 30 w teście POCT. Podane przeze mnie porównanie QiaStat Dx do testu laboratoryjnego wzięło pod uwagę pierwszy wyszukany produkt z LOD na poziomie 200 kopii/ml. Test GeneProof schodzi z LOD do poziomu około 75 kopii/ml (https://www.geneproof.com/geneproof-sars-cov-2-pcr-kit/p6688)
Stwierdzenie, że laboratorium nie potrafi wykonywać oznaczeń i ma dużo wyników fałszywie dodatnich jest naprawdę słabe (ze swojego doświadczenia wiem, że problem jest odwrotny z uwagi na słabą jakość materiału). A nawet jeśli tak jest to zmienia się laboratorium na inne. Chyba, że specjaliści ze Scope chcą podważać wszystkie wyniki, ale wtedy można poszukać labu za granicą.

A teraz najważniejsza informacja - nieco o Ct. Aby wyjaśnić tę miarę jest jest to cykl, w którym ilość namnożonego przez polimerazę fragmentu genomu powoduje, że sygnał fluorescencji przekracza linię odcięcia. Zakładając 100% wydajność reakcji (a ta zależy w głównej mierze od użytych starterów i sond) w każdym cyklu dochodzi do podwojenia ilości materiału, stąd jeśli delta Ct wyniesie 5 (a zwykle Ct na poziomie 35 uznaje się za graniczne) to w przypadku Ct 30 u Scope wyniki są zgodne w 100% przy 32 razy większym stężeniu wirusa.
Dla chętnych do poczytania (https://www.gene-quantification.de/walker-talk-realtime.pdf)