Jednak najpoważniejszą konsekwencją split payment dla przedsiębiorców jest ryzyko problemów lub nawet utraty płynności finansowej. Przedsiębiorcy otrzymujący VAT na rachunku VAT będą mieli te środki zamrożone, nie będą mogli nimi w dowolnym momencie dysponować. Dla wielu z nich, zwłaszcza najmniejszych, może okazać się to dużą przeszkodą w prowadzeniu biznesu.