Obecnie do oceny ekspresji receptora HER-2 stosuje się rutynowo dwie metody: immunohistochemiczną (ocenę ekspresji białka IHC) i hybrydyzację in situ (ISH), która pozwala ocenić nadmiar kopii genu kodującego to białko. Najczęściej takie badanie wykonuje się metodą FISH (fluorescencyjna hybrydyzacja in situ), ale możliwe jest również zastosowanie innych metod (np. CISH chromogeniczna hybrydyzacja in situ).
Obecnie podstawową metodą jest badanie immunohistochemiczne (IHC). Wyniki tego badania podaje się w skali od 0 do 3+, przy czym wyniki 0 i 1+ uznaje się za ujemne, a 2+ są graniczne i wymagają dodatkowego określenia w badaniu molekularnym. 3+ to wynik dodatni.
Badanie ISH jest zalecane każdorazowo w przypadku, gdy wynik oznaczania ekspresji białka jest niejednoznaczny.