Takich programów jest wiele, nie chce polecać konkretnego, ponieważ każdy ma trochę inne oczekiwania. Dla mnie liczy się prostota. Na twoim miejscu ściągnąłbym kilka programów i je przetestował - tu masz link http://programydarmowe.net/5,Dla-firmy.html
Niektóre programy do fakturowania są bezpłatne.