Jedno z drugim niema wiele wspólnego. Główną różnicą jest rodzaj limfocytów T, które są modyfikowane genetycznie. W terapii CAR-T modyfikowane są limfocyty T CD8+, które są komórkami cytotoksycznymi. W terapii CAR-Treg modyfikowane są limfocyty T regulatorne CD4+, które mają działanie immunosupresyjne.